در این سایت فقط تکه هایی از این مطلب با شماره بندی انتهای صفحه درج می شود که ممکن است هنگام انتقال از فایل ورد به داخل سایت کلمات به هم بریزد یا شکل ها درج نشود

شما می توانید تکه های دیگری از این مطلب را با جستجو در همین سایت بخوانید

ولی برای دانلود فایل اصلی با فرمت ورد حاوی تمامی قسمت ها با منابع کامل

اینجا کلیک کنید

1-3-1 پیشگویی ساختار دوم پروتئینها
پیشگویی ساختار دوم بر اساس این حقیقت است که ساختارهای دوم دارای آرایش منظمی از اسیدهای آمینه هستند و با الگوهای پیوندهای هیدروژنی و سایر نیروهای بین اتمی(دافعه، واندروالس و ….) پایدار میشوند. منظم بودن ساختار، پایه اصلی الگوریتم پیشگویی است. پیشگویی ساختار دوم پروتئین دارای برخی کاربردهاست که میتواند در طبقهبندی پروتئینها و نیز جداسازی دمینها و موتیفهای عملکردی بکاررود .(xiong, 2006) سرورهای مختلفی که هر روز نیز بر تعداد آنها افزوده میشود برای پیشگویی ساختار دوم پروتئینها وجود دارد که در بخشهای مربوطه به چند مورد از آنها اشاره شدهاست.

2-3-1 پیشگویی ساختار سوم پروتئینها
حجم بسیار زیادی از توالیها ی پروتئینی از پروژههای بزرگی چون تعیین توالی DNA در مقیاس وسیع کل پروژه ژنوم انسان بدست آمدهاست، ولی به سبب محدودیتهای روشهای x-ray و 30NMR(وقت گیر و پرهزینه)، ساختار سه بعدی بسیاری از پروتئینهای مهم همچنان نامشخص است و با وجود تلاشهای زیاد تعیین ساختار برخی از پروتئینها بویژه پروتئینهای غشایی توسط تکنیک X-ray و NMR با مشکلاتی زیادی مواجه است. از طرفی ساختمان سوم یک پروتئین در حالت طبیعی خود ممکن است به راحتی و بدون کمک عوامل کمکی صورت نگیرد. یک توالی مشخص ممکن است با توجه به محیط خود چندین ساختار بخود بگیرد و یا اینکه ساختار زیستی فعال آن در حالت مطلوب ترمودینامیکی نباشد. شبیه سازی مستقیم تاخوردگی شدن پروتئینها با استفاده از روش دینامیک ملکولی راحت نیست و جز در مورد پروتئینهای بسیار کوچک مورد استفاده قرار نمیگیرد.
از آنجائیکه درک ساختارسه بعدی ماکروملکولها از جمله پروتئینها جهت فهم کامل نقش زیستی آنها حائز اهمیت است و یک مدل سه بعدی کامپیوتری از یک پروتئین میتواند در طراحی آزمایشات بیوشیمیایی مانند جهش هدایت شده، پایداری پروتئین و آنالیز عملکردی بکار رود، از این رو پیشگویی ساختار پروتئینها از توالی آمینواسیدی با استفاده از ابزارهای قدرتمند بیوانفورماتیک بیش از گذشته اهمیت پیدا کردهاست (xiong, 2006).
روشهای محاسباتی پیشگویی ساختار سوم پروتئینهارا به 3 دسته میتوان تقسیم کرد: (1) مدلسازی مقایسهای31، (2) مدلسازی با شناسایی تاخوردگی32 (3) مدلسازی ابتدا به ساکن33 (Floudas, 2007). در این تحقیق از روشهای مقایسهای و شناسایی تاخوردگی استفاده شدهاست. ابزارها، برنامهها و چگونگی بکارگیری آنها جهت پیشگویی ساختار سوم پروتئینها در بخش مواد و روشها بطور مفصل ارائه شدهاست.
4-1 نمایش ساختار پروتئین

در این سایت فقط تکه هایی از این مطلب با شماره بندی انتهای صفحه درج می شود که ممکن است هنگام انتقال از فایل ورد به داخل سایت کلمات به هم بریزد یا شکل ها درج نشود

شما می توانید تکه های دیگری از این مطلب را با جستجو در همین سایت بخوانید

ولی برای دانلود فایل اصلی با فرمت ورد حاوی تمامی قسمت ها با منابع کامل

اینجا کلیک کنید


پاسخ دهید